Con il castello costituisce il secondo gioiello architettonico della collina. Il nome di Madrice (erroneamente detta Matrice) deriva da Madre cioè semplice, primitiva. La facciata originale, ancora visibile, di stile romanico a tre spioventi si apriva ad Ovest, dove, secondo il Mandalari, c'era la porta d'Agira, una delle porte d'ingresso della città. Nel XVII secolo essa fu trasferita ad oriente in direzione del nuovo abitato che si spostava da Ponente verso Levante, e alla fine del XVIII secolo risale la realizzazione della scala monumentale d'accesso.
La nuova facciata si presenta molto imponente in stile composito siciliano, dalle linee semplici. Ha tre sezioni la centrale con ampia arcata su paraste contenente il portale, una finestra, il frontone cuspidato, sormontato da muretto di pietra bianca con croce, quella di sinistra con finestrella quadrata e in alto due monofore ad arco, dalle quali si mostrano le antiche campane, e quella di destra, con le finestre ad arco cieche. Tutte e tre le sezioni poggiano su una zoccolatura in pietra lavica. Su lato Nord si aprono varie finestre, di cui qualcuna anche cieca. Una di queste ha gli stipiti e l'architrave di pietra lavica lavorata, su di esso è impressa la data 1690, forse l'anno di trasferimento della facciata da Ovest ad Est. All'esterno della chiesa, sul lato Sud, davanti alla porta laterale che guarda sul piazzale della chiesa di Cristo al Monte, si elevano due colonne tortili di pietra bianca, monolitiche, che segnavano il limite della zona sacra il condannato a morte aveva una via di scampo se riusciva a raggiungere altre due colonne, non più esistenti, senza essere colpito dalle frecce, era salvo.Lo stesso lato Sud, all'esterno, presenta degli addentellati in pietra lavica, previsti per la costruzione di altro edificio. Sul lato Est, a destra del piazzale, esisteva fino ai primi anni del '900 un'altra chiesa, quella di Maria Vergine della Mercede, fatta costruire nel 1695 da Agata Signorello. Ma detta chiesa fu demolita perché ostruiva la visuale dell'abitato nuovo. Due campane sono state quindi trasferite nel campanile interno della Madrice.
La chiesa a pianta basilicale, fu edificata, probabilmente su un tempio greco, dal Conte Ruggero, il quale nel 1072 la dichiarò basilica o chiesa regia. In un diploma del 1114 il vescovo di Catania Ansgerio avvertì i monaci del tempio di S.Maria de Valle Josaphat di non ledere i diritti della chiesa parrocchiale. Modifiche avvennero nel 1342 (vedi pietra murata) e alla fine del 1400.Il 29 aprile 1670 Bonadies la eresse a collegiata. Ulteriori modifiche sono state apportate nel 1780. Il tetto ligneo originale è stato sostituito con quello attuale in muratura.L'interno della basilica, di stile romanico, a tre navate divise da un duplice colonnato con archi a pieno centro, illuminate da otto finestre, presenta grossi pilastri quadrangolari in blocchi di pietra lavica. La volta centrale è a botte, mentre quelle delle navate laterali sono costituite da una serie di crociere in corrispondenza dei vani d'intercolumnio. A sinistra, in fondo, un interessante altare ornato di marmi policromi ad intarsio, c'è un affresco con la scritta
AGNUS IN CRUCIS LEVATUR IMMOLANDUS STIPITE 1765 e un affresco con angelo che sorregge una scala. A destra entrando vi è un affresco di fattura popolare su S. Giovanni Battista. Sull'altare a destra un pregevole Crocifisso ligneo del sec. XVI-XVII con reliquiario. Sulla volta dell'altare, incorniciato da stucchi, vi è un affresco con i simboli dei quattro evangelisti e l'Agnello di San Giovanni Battista. Sull'altare centrale un polittico recente, rappresentante una Natività con angeli e santi, ricalca lontanamente gli stilemi di scuola bizantina. Il coro ligneo è composto da sedili intarsiati con motivi floreali, putti e mascheroni.Il vestibolo, di costruzione recente, addossato alla chiesa sul lato Sud-Ovest, immette nella grande sagrestia a sinistra, con stalli in legno antichi e con una lapide fissata sopra un'acquasantiera recante la data MDCCXXXXI.
Sulla porta in fondo sono murate due tavolette bizantine in pietra calcarea IN D(omini) A(nno) MCCCXXXXII HOC OPUS FARE FECIT MICHAELI DI CARUPIPI decifrata dal prof. Rapisarda Barbaro cioè Nell'anno del Signore 1342 fece fare quest'opera Michele di Caropepe. Questi fu il committente e l'arciprete della chiesa che dovette essere rifondata nel 1342, in epoca aragonese. Nella tavola di destra si nota il rilievo di un agnello con la testa circondata da un'aureola nella seconda si legge HARUS XRISTUS DEI QUI TOLLIS PECCATA MUNDI MISERERE NOBIS e cioè Agnello di Dio che togli i peccati del mondo, abbi misericordia di noi.All'interno della chiesa sulle pareti vi sono le cornici delle tele e, in attesa di sistemazione, si trovano sparsi resti di capitelli e colonnati, alcune travi di legno scolpite del tetto originale e delle tele provenienti dalla chiesa della Gancia. La chiesa conteneva l'armonium dell'artefice Vincenzo Bonaiuto risalente al 1651 (disperso); una S.Barbara, un'Immacolata del 1758, un'Adorazione dei Magi di Salvatore Bellomo del 1621 e un fonte battesimale del 1741.Ed oggetti di valore vario attualmente custoditi al Monastero una tela raffigurante la Madonna dell'Alto; un' icona raffigurante una Madonna nera con bambino in stile bizantino su tavola lignea; una Madonna del Riparo con mantello; una Madonna tra angeli con anime del Purgatorio di Corrado Attanasio del 1904; una tela con S.Pietro in Cattedra del '500. - un Arcangelo Gabriele; una cantoria per il capitolo della collegiata, con stalli in legno scolpito con figure di animali; un San Vincenzo; il Martirio di S.Nanieno () in estasi donato da G.B.Nicolosi nel 1659; una cattedra del capitolo con sedili il cui schienale in alto porta un'aquila in legno scolpito e due torri, stemma della monarchia spagnola del sec.